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Nome Modelos e Métodos Computacionais em Biologia
Código  
Departamento DBV
Prof Responsável Pedro Silva
Posição nos cursos 1º ano, 1 º sem, Mestrado em Biologia Molecular e Genética - Opcional
1º ano, 1 º sem, Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional - Opcional
1º ano, 1 º sem, Mestrado em Mestrado em Microbiologia Aplicada - Opcional
Créditos 6 ECTS
Pré-requisitos

 

Objectivos da disciplina

O objectivo desta disciplina é estudar alguns modelos biológicos clássicos e recentes, com ênfase em genética e evolução, usando simulação computacional.

Programa Teórico

O cerne do programa é formado por uma selecção de tópicos, flexível, mas incluindo os indicados a seguir. Cada módulo (excepto o primeiro) é constituído por uma introdução, seguida do estudo computacional dos modelos respectivos.

Introdução à programação com Matlab.
Estimação de frequências alélicas e genotípicas sob dominância mista.
Testes de equilíbrio de Hardy-Weinberg: nível de significância e potência do teste.
Selecção natural em populações estruturadas espacialmente.
Modelação de evolução molecular: modelos de evolução de DNA, e seu uso em simulação, estimação de distâncias evolutivas, e inferência filogenética.
Análise computacional da composição de genomas.
Simulação metabólica.
Simulação da síntese proteica: transcrição e tradução.
Simulação do operão lac de E. coli.
Crescimento microbiano em culturas batch e quimiostatos, incluindo competição entre estirpes, e aplicação ao estudo da selecção natural.
Simulação de "jogos" e "jogos evolutivos", como o jogo falcão-pomba, e o rácio sexual, incluindo variantes em sistemas complexos e estruturados espacialmente.
Simulação de dinâmicas evolutivas com fitnesses não transitivas em E. coli, em meios líquidos e estruturados.

Programa Teórico- Prático

Igual ao programa teórico

Resultados Expectáveis
Literatura aconselhada

Slides das aulas, e artigos que serão disponibilisados.

Avaliação

Exame final

Página Web da Disciplina No Moodle da FCUL.